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计算机科学技术名家讲座(十四)-尹燕斌
科研办 发布时间:2017-07-04 08:16  点击:370

报告题目:“ORFanFinder and pHMMtree: two online servers for comparative genomics”

报告人:尹燕斌,美国北伊利诺伊大学

报告时间:7月7日上午9:00

报告地点:计算机楼A521报告厅

报告人简介:

  尹燕斌(Yanbin Yin),美国北伊利诺伊大学(Northern Illinois University,USA),终身副教授(associate professor),生物信息学和进化基因组学实验室主任。2005 年在北京大学生命科学学院生物信息中心获生物信息学博士学位,导师为李松岗教授、罗静初教授。随后,在美国纽约州立布法罗大学计算机系、佐治亚大学生物信息研究所先后任博士后和研究科学家,合作导师分别为Daniel Fischer 教授和徐鹰(Ying Xu)教授。2012年起在美国北伊利诺伊大学(Northern Illinois University,USA)任tenure-track 助理教授,2017 年3 月任终身副教授。申请人近年来研究集中在微生物以及植物基因组学,开发并利用生物信息工具来了解基因组如何演化并将其应用到生物能源和致病菌研究,在PNAS, Nucleic Acids Research, Bioinformatics, Plant Physiology, BMC Genomics,

BMC Plant Biology 等国际重要学术刊物发表第一或通讯作者论文三十余篇,总计SCI 论文65篇,他引超过1500 次。在植物纤维素合成及微生物降解研究领域具有国际声誉。申请人受到美国国立卫生研究院(NIH)和北伊利洛伊大学研究与艺术奖(Research & Artistry Award)的资助,2017 年获得美国国家自然科学基金NSF CAREER Award 奖。

报告摘要:

  Our lab has two research focuses: (i) bacterial pathogenomics funded by NIH; (ii) CAZyme (carbohydrate active enzymes) bioinformatics funded by NSF. I will introduce two recent online servers published in Bioinformatics in 2016 and 2017. The first on ORFanFinder is a software to automatically classify a bacterial gene content according to how conserved a protein is in the framework of NCBI taxonomy. The by-product of this classification is a list of genes that is restricted to a small number of genomes, which are named orphan genes (ORFans). The second tool pHMM-tree is a web application to allow the visualization of distant protein families (in the form of hidden markov models or multiple alignments) as a phylogenetic tree. We develop pHMM-tree in order to study the relationship between different CAZyme families. However, pHMM-tree also provides an innovative method to conveniently visualize the relationship between different a large number of distant Pfam families.

主办单位: 吉林大学计算机科学与技术学院

吉林大学软件学院

吉林大学计算机科学技术研究所

符号计算与知识工程教育部重点实验室

海战场攻防对抗仿真技术教育部重点实验室

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